...for, as long as but a hundred of us remain alive, never will we on
any conditions be brought under English rule. It is in truth not for
glory, nor riches, nor honours that we are fighting, but for freedom –
for that alone, which no honest man gives up but with life itself.
Enjoy summer everybody...
suggest reading this paper:
Nature(2012): 1–5. Butterfly genome reveals... .doi:10.1038/nature11041.1.
It is brilliant for elegantly showing that gene flow in/between hybrid species might lead to adaptive advantages. I think it might really be indicating that sympatric speciation is much more common than generally thought.
Also the paper demonstrates what kind of biological questions can be adressed by modern high throughput sequencing technique - it's far more than just massive data juggling, it's about solving questions (in Evolutionary Biology - whohohoo!).
In addition I suggest Ashes & Fire from Ryan Adams, great music!
It has been the birgthest and sunniest morning in Edinburgh since I arrived today. Virtually cloud- less! So I went for a run in the morning (guessing to rue it tomorrow) and later on accompanied my friend Sujai to buy some stuff. He also insisted of putting me in a photo - which I normally don't see the point of, why have yourself in front of places? Anyway he said later generations might want to see it and I thus dutifully post it here. The rest of the day was spent learning about eye evolution and genes involved; that's what I love about doing evolutionary science, one thing leads to the other and you never know where you end up. What fun! Maybe I found something really interesting in our worm, but then it's not sure yet... . Thrilled. Then on the other hand I have been trying to make use of a new (for me) programm to filter some of the data for a side project, and man it fails every second time. Argh! And partly because I am to stupid I guess. Two days on that now...
So, one more day to work tomorrow and then holidays from Monday - I guess my hair on the photo shows my workload for the last two weeks. But fun! ;-)
Was ein schöner Morgen in Edinburgh, praktisch keine Wolke am Himmel. Bin dann heute morgen erstmal Laufen gegangen (und vermute, das werd ich morgen bereuen). Später war ich dann noch mit Sujai einkaufen und er hat auch das Photo von mir gemacht. Normalerweise sehe ich ja keine Sinn darin sich selbst vor irgendwas zu knipsen, aber er meine später Generationen könnten Interesse daran haben. Naja, gut... . Ab Mittags zogen dann Wolken auf und ich konnte also guten Gewissens weiter über die Evolution von Augen und daran beteiligten Genen lernen. Sehr spannend, weil da vielleicht etwas für unser Projekt zu finden ist. Das ist das coole an Evolutionsbiologie, man kommte immer von Hölzchen auf Stöckchen - macht einfach Spass. Naja nicht so cool ist, dass ich seit vorgestern an einem Programm hänge, das mal läuft und mal nicht und ich grad nicht verstehe wann und warum und zwischendurch starte ich es falsch - aaaah, eigene Dummheit.
Watt solls, noch ein Tag Arbeit und dann Urlaub (ich vermute meine Haare auf dem Bild sind ein Hinweis auf meine Arbeitszeiten zuletzt). Spass muss sein! ;-)
we had a nice and sunny day in Edinburgh yesterday and it seems to stay at least dry for the next days - which is quite nice. anyway, also saw an offer for an impressive three bedroom apartment, have a look:
this morning when taking a run i saw some people in numbered shirts running on the command of somebody in military outfit. was wondering: what's that? later found this article on the Guardian: http://www.guardian.co.uk/uk/2012/jul/14/our-curious-love-affair-military
I think that is a bit scary... Don't people see: being a soldier does not mean being a hero, it means you take the decision (and all due respect for that) to potentielly die in some muddy hole in some totally foreign place.
als ich heute morgen im Park joggen war fielen mir ein paar Leute auf, die nummerierte, bunte Hemden an hatten und von jemaden in Uniform herumkommandiert wurden. Seltsam. Später habe ich dann einen Artikel im Guardian gefunden, der erklärt, dass es wohl in GB gerade in Mode ist sich von der Arme fit machen zu lassen. Ganz generell schein es einen Militär Hype zu geben: http://www.guardian.co.uk/uk/2012/jul/14/our-curious-love-affair-military
Ist das nicht etwas beängstigend? Warum verstehen die Leute nicht, dass Soldaten erstmal keine Helden sind, sondern die Entscheidung treffen (und Respekt dafür) eventuell irgendwo in der Fremde in einem Drecksloch zu sterben?
today when going back from work the bus stopped in front of a small shop (there was a bus stop of course), driver got out of his cabin, waved, mumbled 'scuse me' and bought something to drink before driving on. then later on in one of the smaller streets a bus from the same line came from ahead. both stopped, drivers lowerd their windows and had a chat... blocking the whole street of course. :D
auf dem heimweg heute hielt mein bus an einer haltestelle vor einem kleinen laden, der fahrer stieg aus, winkte kurz, sagte entschuldigungund kaufte sich was zu trinken bevor er weiter fuhr. etwas später fuhren wir durch eine von den kleineren straßen und es kam uns ein bus der selben linie entgegen. beide busse hielten an, die fahrer machten ihre fenster auf und unterhielten sich kurz - was ein spass.
yesterday John, a postdoc of Mark's, gave a cool journal club on this paper:
Koren, Schatz, Walens: Hybrid error correction and de novo assembly of single-molecule sequencing reads. doi:10.1038/nbt.2280
http://www.nature.com/nbt/journal/vaop/ncurrent/full/nbt.2280.html
They try to improve PacBio long DNA sequencing reads which have a massive error rare of ~15% with short Illumina (and possibly 454) reads. And yes, that seems to work. However, there are some crucial data missing from their analysis. Then some parts of the paper are a strange accumulation of we did this, that, and that, and yes this as well - and nobody quite gets why. Well and in the very end, it's not really cheap and also not very fast. Although PacBio is fast, one has to generate the Illumina data anyway, which cost time. Then the PacBio throughput is still very low and consequently to do this for a reasonable sized eucaryotic genome should easily get you into regions above EUR 30K or so. All in all, it's pretty much a good commercial trying to rescue PacBio.
when I was last here, there was some drilling on the roof of the older part of this building. Apparently the company doing that offered the University to cover everything with some tarpulin or tent construction or whatever you use for that at some extra cost. Obviously the University rejected, why spent extra money, right? Well it does rain every now and then in Scotland.... To keep it short, the roof might cave in and evertyhing has to be supported by scaffolding and water drips in everywhere, and parts of the building are actually 'no go' now and it will cost a lot of money to repair all that (it's still raining btw.). It's so good to know that this is not just happening at our Univ. :D
doch ueberall das gleiche:
Das letzte mal, als ich hier war wurde am älteren Teil des Gebäudes auf dem Dach gearbeitet - irgendwelche Bohrungen. Die Firma, die die Arbeiten durchführte hat der Uni wohl angeboten alles mit einer Plane oder Zeltkonstruktion abzudecken, als Regenschutz, für etwas Aufpreis natuerlich. Nun, wie Unis so sind, ist darauf verzichtet worden, hätte ja etwas mehr Geld gekostet. Nun, wie es in Schottland so ist - regnet halt mal. Lange Rede, kurzer Sinn, das Dach droht einzustürzen, alles muss abgestützt werden und überall tropft es aus der Decke, in manche Bereiche darf keiner mehr rein. Wird dann jetzt auch was teurer... Regnet auch immer noch. Aber irgendwie schön zu sehen, dass das kein rein Kölner Ding ist. :-)
great beeing back at Ashworth lab, where you here the sea birds while working. starting to do some RNA screens in our genome and looking at some other bits and pieces before going back to writing.
wow! Murray started with a break of service.
zurück im Büro in den Ashworth Laboratories freue ich mich beim Arbeiten wieder Seevögel hören zu können. beginne damit un unserem Genom nach RNAs zu suchen und werde dann noch ein paar andere Puzzleteile suchen bevor ich mich ans schreiben mache.
krass! Murray gewann direkt ein Break.
much to early this morning I woke for rain drumming on my window sill - since then it has been raining on end, but it's actually nice to sit here, work and watch the rain fall outside.
and once again i am back in Edinburgh to work on some stuff with good friends at the local University. it's kind of mid summer, but i am still happy for bringing my down jacket. soon of for a couple of beer with my friends and then from tomorrow morning it will be work, work, work...
this might develop into a place where i post about evolution and science in general. we'll see...
